Japanagromyza perplexa är en tvåvingeart som beskrevs av Spencer 1975. Japanagromyza perplexa ingår i släktet Japanagromyza och familjen minerarflugor.
Artens utbredningsområde är Sri Lanka. Inga underarter finns listade i Catalogue of Life.
Källor Systema Dipterorum. Pape T. & Thompson F.C. (eds), 2011-01-06
Kategori:Minerarflugor perplexa