Río San Juan kan syfta på:
Argentina
Río Iruya, vattendrag, Salta,
Colombia
Río San Juan (vattendrag i Colombia, lat 4,07, long -77,44), Río San Juan (vattendrag i Colombia, lat 1,19, long -78,50),
Dominikanska republiken
Río San Juan (kommun), María Trinidad Sánchez, Río San Juan (ort i Dominikanska republiken, María Trinidad Sánchez, lat 19,64, long -70,08),
Guatemala
Río San Juan (vattendrag i Guatemala, Petén, lat 16,37, long -90,03),
Honduras
Río Jicatuyo, vattendrag, Departamento de Santa Bárbara,
Mexiko
Río San Juan, Oaxaca, ort, San Juan Ñumí,
Nicaragua
Río San Juan, vattendrag, Río San Juan (departement),
Spanien
Río San Juan (vattendrag i Spanien), Kastilien och Leon, Provincia de Segovia,