AIK slutade säsongen 2006 på en andra plats i Allsvenskan och åkte ut i gruppspelet i Royal League. Detta sågs som en stor bedrift eftersom AIK spelade i Superettan året innan. Innan säsong köptes bland annat Wilton Figueiredo in från GAIS, Markus Jonsson från Östers IF (som senare blev uttagen till landslaget) och Dulee Johnson från BK Häcken. Under säsongen såldes Derek Boateng efter succé i VM.
Försäsongen AIK började försäsongen den 14 februari 2006 med en bortamatch mot Nyköpings BIS och vann med 3-0 i Nyköping.AIK Fotboll AB, Nenad Lukic tvåmålsskytt i Nyköping, www.aik.se (2008-11-05) Fyra dagar senare, den 18 februari, spelade AIK sin första hemmamatch under försäsongen inför hela 3 426 åskådare (en väldigt hög siffra för försäsongsmatcher). AIK vann med 2-1 mot gästande IF Brommapojkarna.AIK Fotboll AB, 2-1-seger mot BP - igen!, www.aik.se, (2008-11-05) Inför nästan 3 000 åskådare spelades nästa försäsongsmatch, denna gång mot Assyriska på Skytteholm. Den matchen slutade inte med seger för något av lagen, utan den slutade 1-1.AIK Fotboll AB, Oavgjort mot Assyriska, www.aik.se, (2008-11-05) Matchen därefter spelades mot Vallentuna BK, en match som AIK vann med hela 8-0.AIK Fotboll AB, Åtta mål mot Vallentuna, www.aik.se, (2008-11-05) Efter storsegern kom dock försäsongens första förlust, mot Degerfors, i en match som spelades under stort snöfall och som slutade 2-1 till Degerfors.AIK Fotboll AB, Första förlusten i snöyra, www.aik.se, (2008-11-05) Den förlusten följdes upp av ytterligare en förlust, som även den var en uddamålsförlust, fast denna gång med 2-3 mot GIF Sundsvall.AIK Fotboll AB, Ny uddamålsförlust i vintermatch, www.aik.se, (2008-11-05) Därefter åkte AIK på ett träningsläger i Portugal och hann med en match, mot SCU Torreense, en match som AIK vann med 2-1.AIK Fotboll AB, AIK-seger med 2-1 i Portugal, www.aik.se, (2008-11-05) AIK spelade därefter sin genrepsmatch mot TPS Åbo från Finland och vann den med 3-1 inför 2 123 åskådare på Skytteholm.AIK Fotboll AB, Säker seger i genrepet, www.aik.se, (2008-11-05)
Noterbart är att AIK spelade ytterligare en träningsmatch bara en dag efter premiären av Allsvenskan, där endast de som inte spelade eller de som spelade väldigt lite deltog. AIK spelade mot Enköping och vann med 6-0 efter fyra mål av Nenad Lukic och två av Wilton Figueiredo.AIK Fotboll AB, Fyra mål av Lukic mot Enköping, www.aik.se, (2008-11-05)
Tävlingar Allsvenskan Se även Fotbollsallsvenskan 2006 AIK, som nykomling i Allsvenskan efter att ha spelat i Superettan 2005 slutade på en andraplats i Fotbollsallsvenskan 2006 efter IF Elfsborg.AIK Fotboll AB, Storseger inför 31000 satte punkt för Allsvenskan, www.aik.se, (2008-11-04) AIK började med att spela 2-2 mot Gefle IF på Råsunda i den första matchen inför 23 822 åskådare. Matchen präglades mest av att Johan Mjällby gjorde comeback i AIK efter flera års frånvaro på grund av en proffskarriär utomlands.AIK Fotboll AB, Oavgjort inför publikrekord, www.aik.se, (2008-11-04) I den andra omgången spelade AIK i Växjö mot Östers IF, en annan nykomling i Allsvenskan, och vann med hela 4-0.AIK Fotboll AB, 4-0 i Växjö, www.aik.se, (2008-11-04) I den tredje matchen, den andra hemma på Råsunda, tog AIK emot då poänglösa Örgryte IS och vann med 2-1 över laget från Göteborg inför drygt 16 500 åskådare och gick upp i serieledning.AIK Fotboll AB, Figueiredo och Sandberg sänkte ÖIS, www.aik.se, (2008-11-04) Därefter spelade AIK en bortamatch i Helsingborg mot Helsingborgs IF och AIK ledde med 1-0 efter första halvlek, men tappade det i andra och matchen slutade 1-1 och tappade serieledningen till Elfsborg.AIK Fotboll AB, Nytt mål av Wilton gav poäng i Helsingborg, www.aik.se, (2008-11-04)
Därefter följde något som i efterhand kallades årets match, detta mot Djurgårdens IF inför 34 174 åskådare på Råsundastadion torsdagen den 27 april 2006. AIK vann matchen med 3-1 efter att ha tagit ledningen på straff efter lite mer än en halvtimmes spel. I andra halvlek ökade Derek Boateng på ledningen efter hörna till 2-0. I den första tilläggsminuten i slutet av matchen lyckades Djurgården göra mål på frispark genom Tobias Hysén. Direkt efter avspark däremot lyckades AIK göra 3-1 och punkterade därmed matchen. Detta var den första segern mot Hammarby eller Djurgården sedan 2002.AIK Fotboll AB, AIK sänkte Djurgården, www.aik.se, (2008-11-04) Direkt efter skulle AIK spela ytterligare ett derby, borta mot Hammarby IF på Söderstadion, istället för Råsunda, och inför 14 694 åskådare fick AIK sin första förlust denna säsong efter att ha förlorat med två mål mot noll.AIK Fotboll AB, AIK besegrat, www.aik.se, (2008-11-04)
Därefter kom något av årets vändning, dock ur AIK:s perspektiv en negativ vändning. AIK mötte Elfsborg, som låg tvåa (AIK trea) inför mötet och nästan 18 000 åskådare befann sig på Råsunda när den första halvleken slutade mållöst. Det stod också länge 0-0 men i den 75:e matchminuten lyckades AIK göra 1-0 och i den 84:e 2-0. Men i den 89:e matchminuten så får IF Elfsborg en straff och gjorde således 1-2. Blott 44 sekunder senare lyckades Elfsborg 2-2, vilket också blev slutresultatet. Detta innebar ingen tabellförändring för AIK, men Elfsborg gick upp i serieledning, två poäng före Hammarby och tre före AIK.AIK Fotboll AB, Glänsande AIK-spel i nästan 89 minuter, www.aik.se, (2008-11-04) Därefter åkte AIK ner till Göteborg och Hisingen för att möta BK Häcken på Rambergsvallen och AIK vann med 1-0 efter mål av Wilton Figueiredo.AIK Fotboll AB, Figueiredo femte fullträff gav seger mot Häcken, www.aik.se, (2008-11-04)
I omgången därefter mötte AIK ytterligare ett göteborgslag, nu på Råsunda, och det var den andra nykomlingen förutom Öster som de mötte - nämligen GAIS. Över 20 000 åskådare var på Råsunda när AIK vann med 2-0 efter mål av Wilton Figueiredo och Markus Jonsson.AIK Fotboll AB, Stabilt AIK tog ny trepoängare, www.aik.se (2008-11-04) AIK åkte därefter söderut till Skåne för att möta Malmö FF men åkte då på årets andra förlust (av totalt tre denna säsong) då de förlorade med 3-1 och efter det var det hela 5 poäng till serietoppen och Hammarby, även om AIK höll fast vid tredje plats.AIK Fotboll AB, Slarvig sista kvart sänkte AIK, www.aik.se, (2008-11-04) I omgång nummer 11, den efter Malmö-matchen, spelade AIK mot Halmstads BK. Johan Mjällby, som tidigare hade annonserat att han skulle sluta med fotbollen, blev avtackad innan matchen inför vad som skulle bli säsongens lägsta publiksiffra, 14 833 åskådare. AIK vann med 3-0 i den sjätte raka hemmamatchen utan förlust. Eftersom Hammarby förlorade mot blivande mästarna Elfsborg med 3-0 var AIK bara två poäng efter på en andraplats i serien.AIK Fotboll AB, Säker 3-0-seger med mersmak!, www.aik.se, (2008-11-05) I den tolfte omgången borta mot IFK Göteborg på Gamla Ullevi lyckades AIK klara 1-1 efter att legat under med 1-0 efter första halvleken.AIK Fotboll AB, Daniel Mendes kvitterade mot IFK, www.aik.se, (2008-11-05)
Den första halvan av Allsvenskan avslutades för AIK:s del med en seger mot Kalmar FF på Råsunda inför över 15 000 åskådare. Matchen slutade 1-0 och AIK låg efter halva serien trea med en poäng upp till tvåan Elfsborg och fyra upp till ledande Hammarby.AIK Fotboll AB, Wiltons sjunde mål gav seger, www.aik.se, (2008-11-05) Efter hemmamatchen mot Kalmar spelades ett returmöte på Fredriksskans IP i Kalmar. Där började det med att Kalmar tog ledningen med 1-0, men AIK lyckades vända detta under den första halvleken och ledde med 2-1 i paus. I andra halvleken lyckades AIK öka på till 3-1 och vann matchen. Hammarby förlorade mot Örgryte och Elfsborg spelade 1-1 mot Malmö och efter 14 omgångar var AIK bara en poäng efter Hammarby, och en poäng före Elfsborg.AIK Fotboll AB, AIK vände och vann på Fredriksskans, www.aik.se, (2008-11-05) Därefter åkte AIK till Gävle för att spela en bortamatch mot Gefle IF. Även den matchen slutade oavgjord (precis som den i den första omgången). AIK tog ledningen i nionde minuten genom ett nyförvärv för säsongen, Bernt Hulsker, och Gefle kvitterade innan pausvilan, och 1-1 stod sig matchen ut. Hammarby noterade ytterligare en förlust och AIK passerade därför lokalrivalerna tack vare en bättre målskillnad. Men Elfsborg ledde efter att ha vunnit mot Halmstad med 3-0.AIK Fotboll AB, Oavgjort i Gävle, www.aik.se (2008-11-05)
I matchen därefter vann AIK med fyra mål för andra gången för säsongen (och det skulle inte vara sista) efter att ha vunnit hemma mot Öster med 5-1 på Råsunda. Matchen var avgjord tidigt efter att Miran Burgic, som värvats under sommaren, gjort två mål på en kvart. I och med en läktarskandal på Söderstadion ifråntogs Hammarby tre poäng och var nere på 26 poäng och en sjätteplats. Elfsborg spelade oavgjort och därmed var AIK i serieledning, en poäng före Elfsborg.AIK Fotboll AB, Fem mål av tre anfallare, www.aik.se, (2008-11-05) Därefter följde ett toppmöte mellan Elfsborg och AIK. Inför lite mer än 15 000 åskådare spelar de två lagen 1-1 på Borås Arena i Borås, efter en mållös första halvlek. Elfsborg tog ledningen i den 50:e matchminuten, men ungefär en kvart senare lyckades Daniel Mendes göra 1-1. Detta innebar att AIK bibehöll serieledningen för Elfsborg.AIK Fotboll AB, Oavgjort i Borås, www.aik.se, (2008-11-05) I matchen därefter spelade AIK hemma mot BK Häcken inför 15 724 och vann matchen med 1-0 efter mål på straff. Elfsborg spelade 1-1 mot Gefle och därmed ryckte AIK i tabelltoppen och låg tre poäng före i slutet av omgången, som var nummer 18.AIK Fotboll AB, 1-0 mot Häcken och AIK ryckte i toppen, www.aik.se, (2008-11-05)
Därefter var det dags för ytterligare ett "dubbelderby", först match mot Djurgården och sedan mot Hammarby, båda på Råsunda. I den första matchen vann AIK mot DIF inför nästan 32 000 åskådare efter ett mycket tidigt mål av Daniel Tjernström, endast fyra och en halv minut. Resultat stod sig matchen ut och AIK tog tre nya poäng i tabellen och var nio poäng före Djurgården och Kalmar (femma respektive fyra), åtta före Göteborg (trea) och tre före Elfsborg (tvåa).AIK Fotboll AB, Tjernas mål gav tre derbypoäng, www.aik.se, (2008-11-05) Sedan följde det andra derbyt i rad, denna gång mot Hammarby IF. Inför matchen hade AIK inte förlorat på nio matcher och i denna match i seriens tjugonde omgång kom så säsongens sista förlust, den tredje totalt. AIK förlorade med 2-0, efter ett ledningsmål efter endast 3 minuter. Elfsborg, som vann med samma siffror hemma mot Örgryte, kom därmed upp på samma poäng som AIK, dock med fyra mål i sämre målskillnad. Det lag som var närmast AIK och Elfsborg var IFK Göteborg, sju poäng efter, och det var ganska klart om vilka två lag guldstriden skulle handla om - AIK och Elfsborg.AIK Fotboll AB, Tung derbyförlust, www.aik.se, (2008-11-05 Därefter kom en 0-0-match mot Örgryte IS, som låg näst sist efter omgången spelats färdigt. Men Elfsborg lyckades inte gå förbi, då även de spelade 0-0 mot ett bottenlag, nämligen Östers IF.AIK Fotboll AB, Mållöst mot nästjumbon, www.aik.se, (2008-11-05)