David Fenyö är en ungersk-svensk-amerikansk beräkningsbiolog och fysiker. Han är för närvarande professor vid institutionen för biokemi och molekylär farmakologi vid NYU Langone Medical Center. Fenyös forskning fokuserar på utveckling av metoder för att identifiera, karakterisera och kvantifiera proteiner, samt på integration av data från flera modaliteter inklusive masspektrometri, sekvensering och mikroskopi.Ruggles KV, Tang Z, Wang X, Grover H, Askenazi M, Teubl J, Cao S, McLellan MD, Clauser KR, Tabb DL, Mertins P, Slebos R, Erdmann-Gilmore P, Li S, Gunawardena HP, Xie L, Liu T, Zhou JY, Sun S, Hoadley KA, Perou CM, Chen X, Davies SR, Maher CA, Kinsinger CR, Rodland KD, Zhang H, Zhang Z, Ding L, Townsend RR, Rodriguez H, Chan D, Smith RD, Liebler DC, Carr SA, Payne S, Ellis MJ, Fenyö D, "An analysis of the sensitivity of proteogenomic mapping of somatic mutations and novel splicing events in cancer", Mol Cell Proteomics 2015. M. Askenazi, K.V. Ruggles, D. Fenyö: PGx: Putting Peptides to BED, J Proteome Res. 2015P.C. Fridy, Y. Li, S. Keegan, M.K. Thompson, I. Nudelman, J.F. Scheid, M. Oeffinger, M.C. Nussenzweig, D. Fenyö, B.T. Chait, M.P. Rout, "A robust pipeline for rapid production of versatile nanobody repertoires", Nature Methods 11 (2014) 1253-1260. . Agullo-Pascual E, Reid DA, Keegan S, Sidhu M, Fenyö D, Rothenberg E, Delmar M. "Super-resolution fluorescence microscopy of the cardiac connexome reveals plakophilin-2 inside the connexin43 plaque", Cardiovasc Res. 100 (2013) 231-240.

Forskning och karriär Fenyö studerade teknisk fysik, med inriktning på matematiska och numeriska metoder, vid Uppsala universitet. Efter att ha avlagt civilingenjörsexamen 1987 började han på Bo Sundqvists laboratorium vid Uppsala universitet och studerade mekanismerna för jon-fastämnesinteraktion både experimentellt,Fenyö D, Hedin A, Håkansson P, Sundqvist BU: Radial Velocity Distribution of Ions Ejected from Organic Solids by Fast Heavy Ion Bombardment. International Journal of Mass Spectrometry and Ion Processes 100 (1990) 63 och teoretisktJohnson RE, Sundqvist BU, Hedin A, Fenyö D: Sputtering by Fast Ions Using a Sum of Impulses. Physical Review B40 (1989) 49. , samt med hjälp av molekylär dynamiksimuleringD. Fenyö*, B. U. R. Sundqvist, B. Karlsson & R. E. Johnson, "Molecular Dynamics Study of Sputtering of Large Molecules", Physical Review B. 42 (1990) 1895. Fenyö D,* Johnson RE: Computer Experiments on Molecular Ejection from an Amorphous Solid: Comparison to an Analytic Continuum Mechanical Model. Physical Review B. 46 (1992) 5090-5099. Fenyö D*: Sputtering by a Sum of Impulses: The Effect of Finite Track Width. Physical Review B 47 (1993) 8263-8264. och Monte Carlo-simuleringar.Fenyö D*, Håkansson P, Sundqvist BU: On the Ejection of Hydrogen Ions from Organic Solids Impacted by MeV Ions. Nuclear Instruments and Methods B84 (1994) 31 1991 disputerade han i fysik.

Han genomförde sedan sina postdocstudier vid Rockefeller University hos Brian Chait, där han utvecklade algoritmer för att analysera proteomikdata erhållna med masspektrometri,D. Fenyö, W. Zhang, R.C. Beavis & B.T. Chait, "Internet-Based Analytical Chemistry Resources - A Model Project", Analytical Chemistry 68 (1996) A721-6D. Fenyö, J. Qin, & B.T. Chait, "Protein Identification Using Mass Spectrometric Information", Electrophoresis 19 (1998) 998-1005. utvecklade en statistisk metod för proteinidentifiering,J. Eriksson, B.T. Chait, and D. Fenyö, "A Statistical Basis for Testing the Significance of Mass Spectrometric Protein Identification Results", Analytical Chemistry 72 (2000) 999-1005. D. Fenyö & R.C. Beavis, "A method for assessing the statistical significance of mass spectrometry-based protein identifications using general scoring schemes", Anal Chem. 75 (2003) 768-74. och tillämpade modellering och simuleringar för att optimera experimentell design för proteomikJ. Eriksson & D. Fenyö, "Predicting the Success Rate of Proteome Analysis by Modeling Protein Abundance Distributions and Experimental Designs", Nature Biotechnology, 25 (2007) 651-655. och studera replikering i jäst.M.D. Sekedat, D. Fenyö, A.J. Tackett, J.D. Aitchison, B.T. Chait, "Direct Genome-Wide View of DNA Replication Fork Progression in S. cerevisiae, From the Perspective of the GINS Complex", Molecular Systems Biology, 6 (2010) 353.

Fenyö var 1997 med och grundade bioinformatik-startupen ProteoMetrics, LLC. Han fungerade som VD för företaget samt utvecklade mjukvarusystem för automatiserad analys av storskalig proteomikdata fram till 2002.H.I. Field, D. Fenyö, R.C. Beavis, "RADARS, a bioinformatics solution that automates proteome mass spectral analysis, optimises protein identification, and archives data in a relational database", Proteomics. 2 (2002) 36-47. Därefter tjänstgjorde han först som proteomikchef på Genomic Solutions, och sedan som staff scientist och produktchef på Amersham Biosciences och GE Healthcare innan han återvände till Rockefeller University 2005. 2010 började han på NYU Langone Medical Center.

Fenyö är medlem i de redaktionella rådgivande nämnderna för Molecular and Cellular Proteomics och Proteome Science. Han sitter i de vetenskapliga rådgivande nämnderna för the Global Proteome Machine, BC Proteome Network, Proteome Software, Protein Metrics and Denator AB. Han är även medlem i styrelsen för US Human Proteome Organization (USHUPO).

Referenser

Kategori:Män Kategori:Amerikanska fysiker under 2000-talet Kategori:Levande personer Kategori:Födelseår saknas