Johannes Müller kan syfta på:
Johannes Regiomontanus (1436–1476), tysk astronom och matematiker Johannes von Müller (1752-1809) schweizisk historieskrivare Johannes Peter Müller (1801–1858), tysk anatom, fysiolog och biolog Johannes Müller (teolog) (1864–1949) från Tyskland Johannes Erik Müller (1877-1965) katolsk biskop i Stockholm, från Tyskland Johannes Müller (SS-Obersturmbannführer) (1895–1961), tysk SS-officer